Prosedur penggunaan SiLPA dana BOS sama halnya dengan prosedur penggunaan dana BOS regular yaitu kepala Satdikdas Negeri harus menyusun Rencana Kegiatan dan Anggaran Sekolah (RKAS) atas SiLPA dana BOS yang kemudian diserahkan kepada Dinas Pendidikan untuk mendapat pengesahan dari Kepala Dinas Pendidikan.
RKAS dana BOS tersebut menjadi bagian dari Rencana Kerja dan Anggaran Organisasi Perangkat daerah (RKA-OPD) dari Dinas Pendidikan yang memuat rencana belanja dana BOS sesuai kode rekening pada APBD.
Sehingga dalam pelaksanaannya,
penggunaan SiLPA dana BOS harus sesuai dengan Dokumen Pelaksanaan Anggaran
OPD (DPA-OPD) Dinas Pendidikan.
Hasil review dokumen dan pemeriksaan kas secara uji petik serta wawancara dengan
Tim Bantuan Operasional Sekolah pada Pemerintah Daerah Kabupaten Banggai Tahun Anggaran 2020 diketahui bahwa penggunaan SiLPA dana BOS belum sesuai prosedur dengan uraian permasalahan sebagai berikut.
Tim Penanggung Jawab Data BOS Pemkab Banggai menyatakan bahwa untuk dapat
menggunakan SiLPA dana BOS sekolah harus mengajukan dokumen permohonan
penggunaan SiLPA dana BOS yang terdiri dari dokumen RKAS untuk penggunaan SiLPA dana BOS, bukti rekening koran tanggal sampai dengan tanggal 31 Desember tahun anggaran sebelumnya dan surat permohonan penggunaan SiLPA yang ditandatangani oleh kepala sekolah.
Dokumen permohonan ini kemudian diajukan kepada Dinas Pendidikan untuk kemudian disetujui oleh Kepala Dinas Pendidikan.
